16S rRNA總體基因體定序文庫的製備方式與優缺點 | 合法醫療器材資訊網

2016年4月26日—以下列出幾種常見的幾種16Smetagenomicssequencing之library製備方式，以及各自的優點與缺點。採用Barcoded16SrRNAprimer&IlluminaTruSeqDNA ...

隨著定序價格的降低，以及Illumina定序長度的增加，越來越多人改用Illumina HiSeq或MiSeq平台進行16S metagenomics sequencing[1]。定序所需之library製備方式，也不斷地在改進。以下列出幾種常見的幾種16S metagenomics sequencing之library製備方式，以及各自的優點與缺點。

採用 Barcoded 16S rRNA primer & Illumina TruSeq DNA Library Preparation

首先我們須先根據待定序的樣品數目, 設計不同的 16S-barcoded-primer。以16S的V1-V2 region為例，在27F以及338R primer 的5’端加上6-mer的barcod序列 (如下表，粗體底線的部分是barcode序列，其餘則是原本的16S primer序列)。

使用上述primer 序列放大樣品中的16S region之後，再將各樣品等量混和成一管，並根據Illumina TruSeq DNA PCR-Free Library Preparation製備library，流程圖如下：

此方法之優點為：將多個樣品pool成一管，製備一個library，可減少library製備之成本；缺點為：由於將多個樣品混和在一起，容易在後續PCR amplify的過程中產生Chimera reads，可選用 PCR-Free之library製備方式，以避免Chimera reads的產生。

採用 Single-indexing 16S rRNA targeting Library Preparation

Caporaso等人在2011年...