淺談總體基因體學16S rRNA定序與資料庫 | 合法醫療器材資訊網
2020年3月4日—次世代定序(NextGenerationSequencing;NGS)是總體基因體學的工具,...利用上述16SrRNA的這些高變區去做定序,可以鑑定微生物的種類, ...
作者:張益祥/有勁基因
總體基因體學(Metagenomics)的概念是由Jo Handelsman等人於1998年所提出,意指特定環境(如:人類腸道、大自然環境)中所有微生物遺傳物質的總和。次世代定序(Next Generation Sequencing; NGS) 是總體基因體學的工具,透過次世代定序可以研究特定環境下微生物的組成與相對數量的多寡。
總體基因體學的定序策略分成兩大類:全基因體霰彈槍法(whole genome shotgun sequencing)以及16S目標區間定序 (16S targeted sequencing)。前者可對特定環境中存在的微生物種類進行全面性分析,但由於目前可用的參考數據庫還很有限,想要分析讀取序列通常仍有困難。後者是針對特定高變區(Highly Variable Region)的序列進行定序,執行上相對較容易、快速;但由於只有拿目標區段去做定序,物種分類的解析度也會因此受到限制。
16S rRNA位在原核細胞的核醣體小次單元(Ribosomal Small Subunit; SSU)上,其序列包含9個高變區(V1~V9)及10個保守區(Conserved Regions),如圖一所示1。利用上述16S rRNA的這些高變區去做定序,可以鑑定微生物的種類,因此目前16S rRNA序列經常被拿來當作鑑定微生物種類的指標序列(marker)。有勁基因目前為客戶分析土壤、糞便菌相時,主要是定序V3-V4這個區段。定序所使用的引子(primer)為341F/805R,採用的儀器是illumina的Miseq機型,定序類型為paired-end300;並分別從正向與反向進行雙端測序,讀數長度則剛好跨過V3-V4區段(長度約為428bp)。
圖一、16S rRNA的保守區與高變區
...微生物體16S擴增子定序(16S Amplicon Sequencing) | 合法醫療器材資訊網
全長16S rRNA定序 | 合法醫療器材資訊網
16S rRNA target metagenomics | 合法醫療器材資訊網
淺談總體基因體學16S rRNA定序與資料庫 | 合法醫療器材資訊網
16S rRNA總體基因體定序文庫的製備方式與優缺點 | 合法醫療器材資訊網
16S rRNA 定序文庫製備 | 合法醫療器材資訊網
微生物菌相分析 | 合法醫療器材資訊網
NGS 次世代定序服務16S rDNA Sequencing | 合法醫療器材資訊網
16S 核糖體RNA | 合法醫療器材資訊網
總基因體分析 | 合法醫療器材資訊網
【優湃腸桿菌鑑定套組(滅菌)】許可證字號:衛署醫器輸壹字第001869號
器材品名:優湃腸桿菌鑑定套組(滅菌)許可證字號:衛署醫器輸壹字第001869號註銷狀態:註銷日期:註銷理由:有效日期:2020/11/10發...
【"微鐵克2" 革蘭氏陰性菌藥敏卡抗生素-盤尼西林類】許可證字號:衛署醫器輸字第017164號
器材品名:"微鐵克2"革蘭氏陰性菌藥敏卡抗生素-盤尼西林類許可證字號:衛署醫器輸字第017164號註銷狀態:註銷日期:註銷理由:有...
【豐技新生兒葡萄糖6磷酸去氫酶套組】許可證字號:衛署醫器輸字第015557號
器材品名:豐技新生兒葡萄糖6磷酸去氫酶套組許可證字號:衛署醫器輸字第015557號註銷狀態:註銷日期:註銷理由:有效日期:2025/12...
【微鐵克全自動微生物分析儀】許可證字號:衛署醫器輸字第016044號
器材品名:微鐵克全自動微生物分析儀許可證字號:衛署醫器輸字第016044號註銷狀態:已註銷註銷日期:2012/11/27註銷理由:許可證...
【"必帝"藥物敏感性試驗指示劑】許可證字號:衛署醫器輸字第016185號
器材品名:"必帝"藥物敏感性試驗指示劑許可證字號:衛署醫器輸字第016185號註銷狀態:註銷日期:註銷理由:有效日期:2026/03/21發...
【“豐技”立克次體IgM玻片檢測套組(未滅菌)】許可證字號:衛部醫器輸壹字第020350號
器材品名:“豐技”立克次體IgM玻片檢測套組(未滅菌)許可證字號:衛部醫器輸壹字第020350號註銷狀態:註銷日期:註銷理由:有效日期...
【瓦立克人類胎盤生長因子品管劑】許可證字號:衛部醫器輸字第028431號
器材品名:瓦立克人類胎盤生長因子品管劑許可證字號:衛部醫器輸字第028431號註銷狀態:註銷日期:註銷理由:有效日期:2026/05/26...
【麥克本細菌保存管系統】許可證字號:衛署醫器輸壹字第002980號
器材品名:麥克本細菌保存管系統許可證字號:衛署醫器輸壹字第002980號註銷狀態:已註銷註銷日期:2012/11/19註銷理由:許可證已...
【生物梅里埃微生物濁度儀】許可證字號:衛署醫器輸壹字第002083號
器材品名:生物梅里埃微生物濁度儀許可證字號:衛署醫器輸壹字第002083號註銷狀態:已註銷註銷日期:2018/04/25註銷理由:許可證...
【威達獅肌鈣蛋白 I 試劑組】許可證字號:衛署醫器輸字第014960號
器材品名:威達獅肌鈣蛋白I試劑組許可證字號:衛署醫器輸字第014960號註銷狀態:註銷日期:註銷理由:有效日期:2025/11/24發證日...
【微鐵克2革蘭氏陽性菌藥敏卡抗生素-乙內醯胺類】許可證字號:衛署醫器輸字第023086號
器材品名:微鐵克2革蘭氏陽性菌藥敏卡抗生素-乙內醯胺類許可證字號:衛署醫器輸字第023086號註銷狀態:註銷日期:註銷理由:有效...
【優湃腸內細菌鑑定套組 (滅菌)】許可證字號:衛署醫器輸壹字第001031號
器材品名:優湃腸內細菌鑑定套組(滅菌)許可證字號:衛署醫器輸壹字第001031號註銷狀態:註銷日期:註銷理由:有效日期:2020/10/18...
【豐技岱奧菲反應增強液】許可證字號:衛署醫器輸壹字第000685號
器材品名:豐技岱奧菲反應增強液許可證字號:衛署醫器輸壹字第000685號註銷狀態:已註銷註銷日期:2018/08/09註銷理由:未展延而...
【"銳盟〞PYR 檢測套組 (未滅菌)】許可證字號:衛署醫器輸壹字第009989號
器材品名:"銳盟〞PYR檢測套組(未滅菌)許可證字號:衛署醫器輸壹字第009989號註銷狀態:已註銷註銷日期:2018/05/17註銷理由:許...
【微鐵克2革蘭氏陽性菌藥敏卡抗生素-氯黴素】許可證字號:衛署醫器輸字第023074號
器材品名:微鐵克2革蘭氏陽性菌藥敏卡抗生素-氯黴素許可證字號:衛署醫器輸字第023074號註銷狀態:註銷日期:註銷理由:有效日期:...