基因名稱轉換工具 | 合法醫療器材資訊網
2019年11月6日—往往在不同資料庫或不同平台會有特定的GeneID,例如Ensembl人類基因會是ENSG/ENST為前綴開頭,而NCBI/EntrezID則為一串數字,但這些文數字可讀性...
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生物資訊分析最重要的是如何提高結果的可讀性,其中基因名稱或 ID 轉換是最常見的問題。往往在不同資料庫或不同平台會有特定的 Gene ID,例如 Ensembl 人類基因會是 ENSG/ENST 為前綴開頭,而 NCBI/EntrezID 則為一串數字,但這些文數字可讀性相當低,因此需要將其轉換為 Gene Symbol Name 以及對應的別名 (alias),更進一步還能對應到相關的 Gene Ontology 或 Pathway。R Bioconductor 中的 biomaRt 則是生物資訊最常用的轉換工具,但由於需要以寫程式的方式去實現基因名稱轉換,因此對於一般研究人員進入門檻較高,今天小編就來介紹幾個易於操作的網頁工具吧! [1]
Ensembl 提供一個網頁版的基因名稱轉換工具[1],進入 Ensembl 主頁面後點選上方的 BioMart
接著點選左側 Dataset 選擇欲使用的資料庫,選擇 Ensembl Gene 98,由於我們要轉換的是人類基因名稱,因此選擇對應的 Human genes (GRCh38.p13)。
點選 Filters 後,在右方 Input external reference ID list 選擇輸入的 ID 類型,並貼上欲轉換的 ID 列表。若為 Microarray probeset ID 則可選用下方的 microarray probes/probesets ID。
最後點選 Attributes,選擇欲輸出轉換的 ID 類型。例如我們在 Gene 分類中選取 Gene ID / Gene name / Gene description / Gene start / ...
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