16S rRNA總體基因體定序文庫的製備方式與優缺點 | 合法醫療器材資訊網

2016年4月26日—隨著定序價格的降低，以及Illumina定序長度的增加，越來越多人改用IlluminaHiSeq或MiSeq平台進行16Smetagenomicssequencing。定序所需 ...

隨著定序價格的降低，以及Illumina定序長度的增加，越來越多人改用Illumina HiSeq或MiSeq平台進行16S metagenomics sequencing[1]。定序所需之library製備方式，也不斷地在改進。以下列出幾種常見的幾種16S metagenomics sequencing之library製備方式，以及各自的優點與缺點。

採用 Barcoded 16S rRNA primer & Illumina TruSeq DNA Library Preparation

首先我們須先根據待定序的樣品數目, 設計不同的 16S-barcoded-primer。以16S的V1-V2 region為例，在27F以及338R primer 的5’端加上6-mer的barcod序列 (如下表，粗體底線的部分是barcode序列，其餘則是原本的16S primer序列)。

使用上述primer 序列放大樣品中的16S region之後，再將各樣品等量混和成一管，並根據Illumina TruSeq DNA PCR-Free Library Preparation製備library，流程圖如下：

此方法之優點為：將多個樣品pool成一管，製備一個library，可減少library製備之成本；缺點為：由於將多個樣品混和在一起，容易在後續PCR amplify的過程中產生Chimera reads，可選用 PCR-Free之library製備方式，以避免Chimera reads的產生。

採用 Single-indexing 16S rRNA targeting Library Preparation

Caporaso等人在2011年...

微生物體16S擴增子定序(16S Amplicon Sequencing) | 合法醫療器材資訊網

淺談總體基因體學16S rRNA定序與資料庫 | 合法醫療器材資訊網

2020年3月4日 — 次世代定序(Next Generation Sequencing; NGS) 是總體基因體學的工具， ... 利用上述16S rRNA的這些高變區去做定序，可以鑑定微生物的種類， ... Read More

16S rRNA總體基因體定序文庫的製備方式與優缺點 | 合法醫療器材資訊網

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全長16S rRNA定序 | 合法醫療器材資訊網

2021年3月26日 — 因此，16S rRNA基因定序已被廣泛用於鑑定各個領域的細菌研究。全長16S rRNA從V1到V9通常約1,500個鹼基對。過去，檢測16S rRNA菌相的 ... Read More

16S rRNA target metagenomics | 合法醫療器材資訊網

因此，總體基因體學將可以替環境微生物科學研究的新亮點。定序長度要多少才夠? 以16S高度變異區域PCR所得到 ... Read More

16S rRNA 定序文庫製備 | 合法醫療器材資訊網

2019年10月3日 — 16s rRNA 標識基因分析當中，從環境中萃取的DNA 需先製備為文庫才能送諸定序。製備定序文庫的方式和流程不僅影響序列品質，亦會左右往後 ... Read More

微生物菌相分析 | 合法醫療器材資訊網

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NGS 次世代定序服務16S rDNA Sequencing | 合法醫療器材資訊網

在16S Ribosomal DNA 序列中有V1~V9 九個序列變異性較大、可以用來分辨不同 ... 我們便針對其中的V3-V4 區域設計引子放大該區域，並進行後續的定序分析。 Read More

16S 核糖體RNA | 合法醫療器材資訊網

功能[編輯] · 16S rRNA具有與原核生物核糖體大亞基中的23S rRNA相似的結構決定功能，可作為核糖體蛋白質結合的架構。 · 16S rRNA的3'端含有能與mRNA上游AUG ... Read More

見微知菌—利用基因體定序尋找未知微生物 | 合法醫療器材資訊網

2016年11月16日 — 研究人員之前也利用16S rRNA 基因廣泛存在於幾乎所有生物，但序列會隨不同物種而有若干變異的特性，針對16S rRNA 基因設計各種共同引子定 ... Read More

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